La Asamblea General es el órgano soberano y está integrada por todas las asociaciones que forman parte de la Federación. Este órgano elige cada dos años al órgano ejecutivo, la Junta Directiva, que está integrada por un máximo de nueve personas que ocupan los cargos de presidencia, vicepresidencia, secretaría, tesorería y vocalías.

La composición de la FEP es el reflejo de la diversidad y pluralidad de las asociaciones que la conforman, unidas para trabajar en red por un objetivo común: la mejora de la calidad de vida de las personas que conviven con el párkinson y la defensa de sus derechos